培養箱內相對濕度的控制是非常重要的，維持足夠的濕度水平才能保證不會由于過度干燥而導致培養失敗。大型的二氧化碳培養箱是用蒸汽發生器或噴霧器來控制相對濕度水平的，而大多數中、小型培養箱則是通過濕度控制面板（humidity pans）的蒸發作用產生濕氣的（其產生的相對濕度水平可達95-98％）。一些培養箱有一個能在加熱的控制面板上保持水份的濕度蓄水池（humidity reservoir），這樣可以增強蒸發作用，此蓄水池能增加相對濕度水平達97-98％。但是，這個系統也更復雜，由于復雜結構的增加一些難以預料的問題也會在使用過程中出現。

每一個使用者都希望所用的儀器能夠方便好用，微處理控制系統和其它各種功能附件（如高溫自動調節和警報裝置、CO2警報裝置、密碼保護設置、自動校準系統等等）的運用，就使得二氧化碳培養箱的操作和控制都非常的簡便。微處理控制系統是維持培養箱內溫度、濕度和CO2 濃度穩態的操作系統。